Μετά τις προκρίσεις Καλλιθέας και Αχαρναϊκού έγιναν γνωστά τα τρία γκρουπ από τα οποία θα προκύψουν οι οκτώ όμιλοι της δεύτερης φάσης στην κλήρωση που θα γίνει την Πέμπτη  17/9/2015 και ώρα 12:00 στα γραφεία της Ελληνικής Ποδοσφαιρικής Ομοσπονδίας, στο Πάρκο Γουδή.Αναλυτικά τα γκρουπ:

A’ Γκρουπ: Ολυμπιακός, Παναθηναϊκός, ΠΑΟΚ, Αστέρας Τρίπολης, Ατρόμητος, ΠΑΣ Γιάννινα, Παναιτωλικός, Skoda Ξάνθη.

Β’ Γκρουπ: Πλατανιάς, ΑΕΛ Καλλονής, Πανθρακικός, Πανιώνιος, Βέροια, Λεβαδειακός, ΑΕΚ, Ηρακλής.

Football League: ΑΕΛ, Αν. Καρδίτσας, Απόλλων, Αχαρναϊκός, Ελευσίνα, Εργοτέλης, Ζάκυνθος, Καλλιθέα, Κέρκυρα, Κισσαμικός, Λαμία, Ολυμπιακός Β., Παναιγιάλειος, Παναχαϊκή, Πανσερραϊκός, Χανιά. Σημειώνεται ότι οι ομάδες της Football League θα κληρωθούν σε 3ο και 4ο γκρουπ.